União de RNAs de dois genes diferentes. Um tipo de trans-splicing é o do "líder para processamento" (encontrado principalmente em protozoários, como os tripanossomos e nos invertebrados inferiores, como os nematóides) que resulta na adição de uma sequência líder para processamento, não codificadora, encapuzada e processada na extremidade 5' do mRNAs. Outro tipo de "trans-splicing" é o dos "introns descontínuos do grupo II" (encontrado em cloroplastos de plantas/algas e nas mitocôndrias vegetais) que resulta na união de duas seqüências codificadoras transcritas independentemente. Ambos são mecanisticamente semelhantes ao cis-splicing convencional nuclear pré-mRNA. As células de mamíferos também são capazes de trans-splicing.